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El 4 de marzo de 1971, se convocó a una sesión en el salón de la ciudad, a aquellas personas que querían que el fútbol profesional fuera parte de la provincia del Azuay y allí se consolidó de manera oficial el Club Deportivo Cuenca.
El club Peñarol de Montevideo, cinco veces campeón de la Copa Libertadores de América, llegó a la ciudad a jugar un partido amistoso ante el Deportivo Cuenca. Rodolfo Piazza, arquero titular, se lesionó y en su reemplazo ingresó Miguel Cartagena, que no había tenido lugar en el primer equipo. Ante la sorpresa de todos, atajó de manera extraordinaria y los hinchas lo bautizaron «Peñarol Cartagena». Deportivo Cuenca ganó, así, su primer partido internacional.
Deportivo Cuenca apabulló a sus rivales, goleando en casi todos los partidos, de la mano de Ángel Luis Liciardi, el «Tano», un argentino nacionalizado ecuatoriano que, hasta el día de hoy, sigue siendo el máximo ídolo y goleador del equipo. Así consiguió su primer vicecampeonato y la clasificación a la Copa Libertadores de América.
Como vicecampeón de Ecuador, el Expreso Austral debutó en su primer torneo internacional en un grupo que compartió junto a Liga de Quito, Guabirá y Bolívar. Al final de la primera fase, los conjuntos ecuatorianos sumaron ocho puntos y para definir el clasificado a la segunda etapa, se jugó un cotejo decisivo en terreno neutral jugado en el estadio Modelo de Guayaquil. El equipo Albo ganó 2-1.
El Expreso Austral volvió a la Copa Libertadores en calidad de vicecampeón junto a El Nacional. Los rivales coperos fueron los brasileños Internacional de Porto Alegre y Corinthians. Pese a la experiencia de 1976, el Cuenca terminó en cuarto lugar con tres puntos.
El equipo de 1979 dirigido por el uruguayo Luis Grimaldi fue uno de los mejores, teniendo a Miguel Ángel Mansilla como eje del plantel y a Walter “El Toro” Bares, como máximo artillero. Deportivo Cuenca finalizó la primera etapa en la primera ubicación, pero luego se cayó en la segunda fase, no pudiendo coronar el año como el mejor.
La «Franela roja» comenzó la década de los 80 de muy mala manera. En la primera etapa del torneo se ubicó en el último lugar tras haber jugado 18 partidos y haber acumulado tan sólo 14 puntos, lo que lo llevó a perder la categoría junto con Manta FC.
En la segunda mitad del año el Expreso Austral jugó en la serie B. Los «camisetas coloradas» hicieron una buena campaña y lograron ascender nuevamente para disputar el torneo de 1981 en la serie A.
El campeonato de 1981 se dividió nuevamente en dos etapas. En la primera, el equipo colorado finalizó en la quinta posición, pero, en la segunda, terminó noveno y descendió nuevamente junto con América de Quito.
Una pésima campaña en la serie B, hizo que el Deportivo Cuenca terminara el campeonato en último lugar y descendiera, por primera vez en su historia, a Segunda Categoría, en la cual se limitó a jugar el torneo provincial de ascenso de la Asociación de Fútbol del Azuay.
Entre 1983 y 1988 no hubo Serie B en el fútbol ecuatoriano. Solo existía la Serie A y la Segunda Categoría. Es por esto que Deportivo Cuenca, tras militar dos años en el ascenso, regresó directamente a Primera para disputar el torneo de 1985. La hinchada fue importante para conseguir el ascenso. Alrededor de 10.000 personas acompañaban al club en cada uno de los partidos que le tocó disputar ante equipos como Gloria, el Vado o Estrella Roja, entre otros.
En el año 1991 Deportivo Cuenca estuvo a punto de no participar en el Campeonato Nacional por una difícil situación económica, sin embargo, un grupo de dirigentes, encabezados por Humberto Pesantez, tuvo la difícil tarea de impedir la desaparición del club. El Ing. Héctor Morales, un estudioso del fútbol, fue contratado como director técnico. Morales se encargó de formar un equipo joven con el objetivo de salvar la categoría, algo que finalmente ocurrió.
Tres años más tarde, el club volvió a pelear en la parte más baja de la tabla de posiciones. Valdez S.C. descendió directamente luego de quedar último en la tabla acumulada, lo que determinó que Deportivo Cuenca y Delfín tuvieran que disputar una final para definir qué otro equipo se iría al descenso. El 30 de octubre, en el estadio Jocay de Manta, Delfín derrotó al Cuenca por 1-0 pero una semana más tarde, el 6 de noviembre, el Expreso Austral le ganó 2-1; lo que empujó a que la serie se definiera desde los once pasos. La tanda de penales terminó 4-3 a favor de Delfín y Deportivo Cuenca finalmente perdió la categoría.
Energio «el Guapetón» Díaz, fue uno de los jugadores del conjunto cetáceo responsables de enviar al Cuenca al descenso. Una anécdota divertida, es que luego del partido, los dirigentes morlacos conversaron con el jugador y le pidieron que juegue al año siguiente para el Expreso Austral. «Si nos mandaste a la B, ahora tienes que devolvernos a la A», le dijeron. Y así fue. En 1995 el Guapetón se vistió con la camiseta colorada, fue una de las figuras y devolvió al club a la máxima categoría.
En 1996, el director técnico de nacionalidad argentina, Carlos Ramacciotti, se hizo cargo del plantel. El equipo tuvo como símbolo al cuencano Pablo Marín y se incorporó al arquero Carlos Alberto Panciroli, al volante Juan Ramón Balmaceda y al excelente goleador, José Luis “Puma” Rodríguez (marcó 18 goles), entre otros. Deportivo Cuenca clasificó a la liguilla final, en la que finalizó en 5to lugar.
En 1999, la serie A del fútbol ecuatoriano, estuvo conformada por doce equipos. En la primera etapa el Expreso Austral quedó en la décima ubicación, lo que lo llevó a jugar una liguilla para no descender. Deportivo Cuenca terminó en el quinto lugar con 11 puntos y descendió junto con Delfín y Audaz Octubrino. Además, el club estuvo inmerso en una crisis económica, deportiva e institucional que se ajudizó con la devaluación del Sucre con respecto al dólar, que se vivía en esa época.
En 2001, un grupo de jóvenes dirigentes liderados por la presidencia de Mario Esteban Espinosa, tomó a su cargo el club y, luego de una extraordinaria campaña, consiguió el ascenso a la Serie “A”. El último partido del cuadro rojo en la Serie B, lo disputó ante Unión Deportiva Juvenil de Quinindé, el 27 de octubre de 2001. El encuentro finalizó con una contundente victoria colorada por 3-2 con goles de Jerson Stacio, Walter «Mamita» Calderón y Adalberto Pozzi, resultado que le permitió ocupar el segundo lugar del torneo, por debajo de Liga de Quito y sellar, así, su retorno a la serie de privilegio para la temporada 2002.
En el 2005 el Expreso Austral se proclamó vicecampeón nacional. Además, tras 28 años, volvió a jugar una Copa Libertadores. Sus rivales fueron Boca Juniors de Argentina, Pachuca de México y Sporting Cristal del Perú. Finalizó en la cuarta ubicación luego de tres empates en Cuenca y tres derrotas de visitante.
En 2006 Deportivo Cuenca volvió a jugar la Libertadores en calidad de vicecampeón del Torneo Clausura 2005. En la fase clasificatoria jugó con el conjunto brasileño Goiás, en partidos de ida y vuelta. En la ciudad de Cuenca igualó 1-1 y de visitante cayó 0-3, lo que le impidió integrar la fase de grupos.
El director técnico de esta temporada fue el argentino Gabriel Perrone, quien trajo a los delanteros Juan Carlos Ferreyra y Alexis de Olivera. En la liguilla final, el Expreso Austral terminó en segundo puesto con 20 puntos, detrás de Liga de Quito, lo que le permitió clasificar a la Copa Libertadores 2008 y conseguir su cuarto vicecampeonato en el torneo ecuatoriano de fútbol. Juan Carlos Ferreyra quedó como goleador del campeonato, con 17 anotaciones.
Nuevamente bajo el mandato de Gabriel Perrone, Deportivo Cuenca se reforzó de la mejor manera para disputar el campeonato nacional y la Copa Libertadores de América. Apareció la importante figura cuencana de Israel Álvarez en el arco, a pesar de que en el equipo se encontraban dos experimentados jugadores como Javier Klimowicz y Carlos Morán. El equipo finalizó en el tercer puesto detrás de Liga de Quito (vicecampeón) y Deportivo Quito (campeón), lo que le permitió clasificarse, una vez más, a la Copa Libertadores.
Con la salida de Gabriel Perrone, se contrató a Guillermo Duró (asistente técnico de Julio Asad en el campeonato de 2004), quien logró la hazaña de vencer al Club Atlético Boca Juniors en la Copa Libertadores, en un grupo que compartió junto a Deportivo Táchira y Guaraní. Además, se clasificó por primera vez a octavos de final.
En el torneo local, el Expreso Austral se consagró vicecampeón por quinta vez, perdiendo la final ante Deportivo Quito por 3-2, en el estadio Olímpico Atahualpa.
Bajo las órdenes de Paúl Vélez, Deportivo Cuenca integró el grupo de la Copa Libertadores 2010 junto a Nacional de Uruguay, Banfield de Argentina y Morelia de México. Quedó último en la tabla de posiciones con cuatro puntos en seis partidos.
En el 2014 el Club Deportivo Cuenca participó en el torneo cuadrangular Lunar New Year Cup, torneo reconocido oficialmente por la asociación de fútbol profesional de Hong Kong.
El Deportivo Cuenca, para jugar este cuadrangular, se unió al equipo Citizen AA y formaron el Citizen Cuenca United, que se coronó campeón de esta tradicional competición en el continente asiático.
El Expreso Austral retornó a un torneo internacional después de siete años de ausencia, al clasificar a la Copa Sudamericana, por primera vez en su historia. La experiencia no fue buena ya que fue eliminado en primera fase contra Oriente Petrolero de Bolivia, por penales.
Deportivo Cuenca clasificó por primera vez a los octavos de final de la Copa Conmebol Sudamericana y se enfrentó con Fluminense de Brasil en el estadio Rodrigo Paz Delgado. En una movilización sin precedentes en el Ecuador, miles de hinchas colorados se trasladaron a la Capital en una caravana de 53 buses, busetas y carros particulares.
Se creó la Superliga Femenina en Ecuador y Deportivo Cuenca se coronó campeón por primera vez en su historia. Con un resultado global 4-1, venció en la final al Club Ñañas y se quedó con el título. Wendy Villón fue la directora técnica y Madelin Riera la goleadora del torneo con 44 goles. Unos meses más tarde, Las Leonas disputaron la Copa Libertadores Femenina que se llevó a cabo en la ciudad de Quito. El equipo perdió en cuartos de final con Cerro Porteño de Paraguay.
Sumergido en una profunda crisis institucional y económica, agravada por la pandemia, Deportivo Cuenca estuvo a punto de descender de categoría. Luego de una primera fase donde consiguió 9 puntos de 45 posibles, Guillermo Duró llegó en el segundo semestre, revirtió la situación, peleó en los puestos de arriba y salvó al equipo del descenso en un recordado partido frente a Emelec, en el que Diego Dorregaray metió un golazo de larga distancia para el triunfo 2-1, en el estadio Alejandro Serrano Aguilar. Nataly Villavicencio asumió como presidenta del club, en una elección con récord de votantes.
Deportivo Cuenca salió campeón de la Superliga Femenina y sumó su segunda estrella en el escudo. Nuevamente con Wendy Villón en la dirección técnica y Madelin Riera como goleadora, venció en la final al Club Ñañas y clasificó, por segunda vez, a la Copa Libertadores Femenina que se disputó en la ciudad de Asunción, Paraguay.
En el mes de julio, Alejandro Méndez se sumó al grupo inversor liderado, hasta ese momento, por Orville Dunk.
El experimentado Luis Fernando Saritama asumió como director deportivo para cambiar el rumbo futbolístico del equipo masculino. Deportivo Cuenca hizo una buena campaña con Gabriel Schürrer como director técnico y clasificó, luego de cinco años, a la Copa Sudamericana.
Gabriel Schürrer renunció como director técnico por problemas familiares y, en su lugar, asumió la dupla técnica liderada por Gabriel Del Valle y Juan Zubeldía, quienes hasta ese momento se desempeñaban como asistentes de Schürrer. El equipo perdió 1-2 frente a Emelec, en el estadio Capwell y quedó eliminado de la Copa Sudamericana sin poder entrar en la fase de grupos.
Antes de la finalización de la primera etapa, el experimentado Carlos Ischia reemplazó a la «dupleta» técnica. Tras una campaña irregular, el Expreso Austral finalizó noveno en la tabla general y clasificó, por segundo año consecutivo, a la Copa Sudamericana.
Luis García, exasistente de Gabriel Cosenza en 2016, asumió como nuevo director técnico tras la salida de Carlos Ischia. Luego de realizar una muy buena pretemporada en el complejo de Uzhupud Garden, el entrenador buscará clasificar a la fase de grupos de la Copa Sudamericana. El rival será Delfín SC, quien es dirigido por un viejo conocido de la casa: Guillermo Duró.